分子全息图的时空建模—小柯机器人—科学网

  华大基因研讨院Yinqi Bai等协作获得新进展。他们研讨开发了分子全息图的时空建模办法。相关研讨成果2024年11月11日在线发表于《细胞》杂志上。

  研讨人员开发了Spateo(，一个3D时空建模结构，并将其应用于E9.5和E11.5的3D小鼠胚胎产生图谱，捕获了800万个细胞。Spateo可以在必定程度上完结可扩展、部分、非刚性对齐、多层细化和网格校对，以创立整个胚胎的分子全息图。

  它引入了数字化办法来提醒从亚细胞到整个器官的多层次生物学，确认了沿新式3D结构正交轴的表达梯度，例如中脑-后脑鸿沟（MHB）等次级组织者。Spateo进一步联合模仿细胞间和细胞内的相互作用，以分析三维结构中的信号景象，包含丘脑内的约束带（ZLI）。

  最终，Spateo引入了细胞搬迁的“形状计量向量场”，并整合了空间微分几许，提醒了不对称小鼠心脏器官产生等背面的分子程序，将微观改变与分子动力学联系起来。因而，Spateo可以在3D空间中跟着时刻的推移，在分子水平上研讨器官生态学。